GenBank
Jenny Consuelo N��ñez
Ximena Carolina P��rez
POSTGRADO INTERFACULTADES DE MICROBIOLOGÍA
BIOINFORMÁTICA
CONCEPTOS BÁSICOS
Lehninger principles of biochemistry.
• Pentosa: Ribosa o desoxirribosa
• Base nitrogenada: Purinas (AG)
Pirimidinas ( CTU)
• Fosfato
NUCLEÓTIDOS
Äcidos nucl��icos: pol��meros de
ribonucle��tidos o
desoxirribonucle��tidos unidos
por enlaces fosfodi��ster. (DNA y
RNA)
Gen: es una secuencia lineal de
nucle��tidos que contiene la
informaci��n necesaria para la
s��ntesis de una macromol��cula
con funci��n celular espec��fica
CONCEPTOS BÁSICOS
http://www.ergito.com/main.jsp?bcs=MBIOE.1.1&slide_aso=1
http://es.wikipedia.org/wiki/Gen
http://www.visindavefur.hi.is/svar.asp?id=6385
Que es GenBank?
Es la base de datos mas conocida de secuencias DNA p��blicamente disponibles. hay
aproximadamente 65,369,091,950 bases.
organizaciones intercambian datos diariamente.
GenBank y sus colaboradores reciben secuencias gen��ticas producidas en laboratorios
de todo el mundo, procedentes de m��s de 100.000 organismos distintos.
Aceso NCBI
http://www.ncbi.nlm.gov
GenBank E.U.U
EMBL Europea
DDBJ Japon
Bases datos GenBank
Crecimiento exponencial.
Base datos internacional excede 100
gigabases.
Revisiones secuencias
Las puede hacer actulizaciones, revisiones
entradas al GenBank.
Utilidad sirve buscar secuencias de
nucle��tidos.
a la vez comparar alineamientos a trav��s del
BLAST
Actualizaciones
GenBank recibe a menudo las actualizaciones a las
sumisiones en un formato.
La informaci��n siguiente proporciona los m��todos
diferentes para someter las actualizaciones a
GenBank que asegurar�� que su actualizaci��n se
procesa r��pidamente y correctamente.
Las actualizaciones deben ser directamente
emailed a gbadmin@ncbi.nlm.nih.gov
Bankit Update
SequinMacroSend.
Acceso al GenBank
http:www.ncbi.nlm.gov
Esta disponible para investigar NCBI por
varios m��todos.
Los GenBank nucleotide archivos est��n
disponibles en las divisiones CoreNucleotide,
dbEST, o dbGSS y pueden investigarse
juntos o independientemente en Entrez.
NCBI est�� desarrollando las nuevas herramientas
continuamente y existentes reforzando acceso a
GenBank.
NCBI Anuncie la lista del correo electr��nico, lea las
Noticias de NCBI, Web.
Los Datos de la Sucesi��n sometiendo a GenBank.
Los datos intercambian entre GenBank, EMBL y
DDBJ ocurre diariamente. Pueden guardarse datos
de la sucesi��n sometidos de antemano de
publicaci��nes confidencial.
Anualmente se reunen las tres bases de datos con
el fin de corregir errores t��cnicos.
Herramienta de b��squeda
Alineaci��n local BLAST
La Herramienta de B��squeda de Alineaci��n Local
B��sica (BLAST) encuentra regiones de similitud
local entre las secuencias.
El programa compara nucle��tido o secuencias de
la prote��na a las bases de datos de la sucesi��n.
BLAST puede usarse para inferir las relaciones
funcionales y evolutivas entre las secuencias as��
como ayuda identifica a los miembros de familias
del gen.
National Center for Biotechnology
Information (NCBI)
Molecular Biology Laboratory (EMBL)
DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
1. Acceso a la p��gina
principal de NCBI:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Acceso al Link GenBank
1
2
3
4
3. Env��o de datos a GenBank: Como someter secuencias.
4. Actualizaciones: Como enviar actualizaciones de la informaci��n
publicada
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Entrez Nucleotide
a
c
d
e
b
a. L��mites: Restricci��n de b��squeda
b. Índice: Lista alfab��tica de t��rminos de b��squeda dentro de la
base de datos
c. Historia: Expediente de b��squedas durante una sesi��n
d. ��Clipboard��: lugar temporal para guardar resultados.
e. Detalles: Muestra las estrategias usadas para la b��squeda
Subconjuntos de GenBank
CoreNucleotide
EST
GSS
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=Index&DB=nucleotide
L��mites
Informaci��n general
Caracter��sticas
Secuencia
Formato
